Um einzelne überregionale Fälle zu bearbeiten, Methoden und Techniken zu entwickeln und zu verbessern, bestehen innerhalb des Arbeitskreises Provenienzforschung Arbeitsgruppen. Die Mitglieder der Arbeitsgruppen treffen sich anlässlich der Arbeitskreistreffen, aber auch zu anderen Gelegenheiten, um im persönlichen Austausch an ihren Themen zu arbeiten. Darüber hinaus nutzen die Arbeitsgruppen auch die Online-Plattformen des Arbeitskreises. Ihre Ergebnisse stellen die Arbeitsgruppen der Mitgliederversammlung im Rahmen der Arbeitskreistreffen vor.